中國教育出版傳媒股份有限公司下設董事會、監事會，董事會下設戰略委員會、審計委員會、提名委員會、薪酬與考核委員會、編輯委員會。

公司由辦公室、財務部、人力資源部、戰略發展部、出版部、對外合作部、審計部、法律與證券部、黨群工作部等部門組成。

同時，成員單位是中國教育出版傳媒股份有限公司的重要組成部分，包括人民教育出版社、高等教育出版社、語文出版社、中國教學儀器設備總公司及中國教育圖書進出口公司。